Después de casi tres siglos de dependencia colonial, Chiapas proclama su independencia de España y de la Capitanía General de Guatemala el 28 de agosto de 1821 y después de ciertos vaivenes políticos, el 14 de septiembre de 1824 declara solemnemente su federación a México.
Por tal motivo, la Junta Suprema Provisional que gobernaba a la entonces provincia convocó a los chiapanecos a que integraran un Congreso Constituyente que se encargara de redactar la Constitución Política del nuevo Estado Libre y Soberano de Chiapas, conforme la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos. De esta manera, el 5 de enero de 1825 se instaló el primer Congreso Constituyente de Chiapas, mismo que expidió el 19 de noviembre del mismo año, la Constitución Política del Estado. Con esta base se eligió como gobernador Interino del estado a don Manuel José de Rojas y tres abogados para que fungieran como magistrados del Tribunal Superior de Justicia del Estado, además se convocó a elecciones para integrar la primera Legislatura Constitucional del H. Congreso del Estado.
Por decreto número uno, de fecha 5 de enero de 1825, expedido por el primer Congreso Constituyente de Chiapas, el Poder Judicial fue confiado provisionalmente, a los tribunales que lo ejercían en esa época. Por ello fueron confirmados los tribunales que estaban legítimamente establecidos a fin de que siguieran administrando la justicia de conformidad con las leyes vigentes, mientras se expedía la Constitución Política del Estado.
El 29 de abril, mediante decreto número 22, se estableció oficialmente el Tribunal Superior de Justicia del Estado. El Tribunal Territorial de Justicia se componía de tres abogados y funcionó en una sola sala. Los nombramientos de magistrados fueron hechos por el Congreso Constituyente. Además, en este tribunal había un asesor general de asuntos judiciales, de alcaldes y de jueces de primera instancia. Para ser elegido magistrado se requería ser ciudadano en ejercicio de sus derechos, tener más de 25 años de edad, letrado y de probidad. Duraban en su cargo cinco años, permitiéndose la reelección por una sola vez. Los magistrados tenían un sueldo asignado de mil quinientos pesos anuales; los jueces, quinientos y el asesor general mil seiscientos pesos, sin que pudiera éste último cobrar honorarios por los asuntos que le consultaran los alcaldes o jueces. Por su parte, los magistrados habilitaron, en esa ocasión, a una persona para que estuviera al frente del despacho de la Escribanía de Cámara. En cada partido había un juez de primera instancia, mismo que era nombrado por el titular del poder Ejecutivo del estado a propuesta en terna del Tribunal Superior de Justicia.
El 22 de mayo fue instalada la primera sala del Tribunal Superior de Justicia, conforme al decreto del 13 de mayo, expedido por el primer Congreso Constituyente. La toma de posesión de los primeros tres magistrados la hicieron en ceremonia especial ante don Manuel José de Rojas, gobernador del estado.
El 16 de junio de 1825 se facultó al Tribunal Superior de Justicia para que dictara, previa aprobación del H. Congreso del Estado, los reglamentos que fueran necesarios para el mejor desarrollo de sus funciones. El 20 de julio de ese mismo año se determinó el número de escribanos públicos que debía haber en Chiapas, fijándose en 10. Fue de esa manera como nacieron los primeros notarios públicos en la entidad.
El decreto número 37, de fecha 23 de julio, señaló que en caso de ausencia o enfermedad de los magistrados, o en caso de quedar un solo magistrado, éste podía nombrar un conjuez y en unión de éste último designar a otro para completar la sala.
El 28 de julio se expide el primer Reglamento Provisional del Tribunal Superior de Justicia del Estado, en cumplimiento al decreto número 33 del 16 de junio que facultaba al Tribunal para expedir su propio reglamento, mismo que fue aprobado por el Congreso Constituyente.
El 30 de julio se nombraron, para el Tribunal Superior de Justicia, un escribano de cámara, un Oficial Mayor y un portero, asignándoles un sueldo de 25, 15 y 8 pesos mensuales, respectivamente. Las ausencias del escribano eran cubiertas por el oficial mayor.
El 12 de septiembre se facultó a los jueces de partido para conocer las causas tanto civiles como penales, de los alcaldes y regidores de las poblaciones que no ejercieran la primera instancia. Cabe mencionar que los alcaldes podían conocer de las demandas civiles que no pasaran de cien pesos; así como de los asuntos criminales y de injurias y faltas leves, que no merecieran penas corporales.
El 30 de septiembre se crea en Chiapas la junta de diezmos, para auxiliar a la Iglesia en la recaudación de éstos. Integraron la junta el gobernador del estado, un ministro del Tribunal de Justicia, dos jueces hacedores y un fiscal nombrado por el gobierno.
El 19 de noviembre de 1825 se expidió la primera Constitución Política del Estado, que señaló en su artículo 83 que el Poder Judicial residiría en una Corte Suprema de Justicia y en los demás tribunales del estado. Así mismo, mencionaba (art. 91) que en Ciudad Real, capital del estado, funcionaría la Corte Suprema de Justicia, compuesta de tres salas.
El 11 de marzo de 1826 se instaló la primera Legislatura del H. Congreso del Estado, la que nombró, el 17 de abril, como gobernador constitucional del estado, a don José Diego Lara (1826-1830), y el 5 de septiembre, designó a los CC. Emeterio Pineda, Carlos María Castañón y Mariano Rojas, como magistrados del Tribunal Superior de Justicia.
El 4 de enero de 1858 don Ángel Albino Corzo, gobernador constitucional del estado, promulgó la segunda Constitución Política de Chiapas, que señalaba en su artículo 65, que el Poder Judicial se depositaba, para su ejercicio, en el Tribunal de Justicia, jueces de primera instancia y alcaldes. El Tribunal de Justicia del Estado se componía de tres Magistrados propietarios y dos supernumerarios. Era regente del Tribunal el primer magistrado electo. Dichos funcionarios duraban en su cargo cuatro años. Los requisitos eran: estar instruidos en leyes, tener treinta años cumplidos y ser mexicano en pleno ejercicio de sus derechos. A los magistrados, al entrar en ejercicio de sus funciones, les tomaba la protesta de ley el H. Congreso del Estado y en su receso lo hacían ante la Diputación permanente. En los departamentos se nombraban jueces de primera instancia; y en los municipios, alcaldes. Los jueces se nombraban cada cuatro años y los alcaldes anualmente.
El 15 de noviembre de 1893, la XVIII Legislatura del H. Congreso del Estado expidió la tercera Constitución Política del Estado, la que fue promulgada el mismo día por el Lic. Emilio Rabasa, gobernador constitucional del estado. Esta Constitución, reformada y adicionada cita, en el artículo 54, que el Poder Judicial se ejerce por el Tribunal de Justicia, jueces de primera instancia, jurados, jueces menores y alcaldes.
El Tribunal se componía de tres magistrados de número y tres supernumerarios, elegidos popularmente. Para magistrado se requería ser abogado, tener más de treinta años de edad y tener la calidad de ciudadano chiapaneco. Duraban en su cargo cuatro años. Aquí se menciona explícitamente que el presidente del Tribunal sería el magistrado primeramente electo. Los jueces de primera instancia eran nombrados por el titular del poder ejecutivo del estado a propuesta en terna del Tribunal de Justicia, los cuales se renovaban cada dos años. Los jueces menores y los alcaldes duraban en ejercicio un año.
El 25 de diciembre de 1900 don Rafael Pimentel, gobernador del estado, promulgó la Ley Orgánica del Poder Judicial que en 1903 se reexpide con reformas y adiciones, y el 10 de junio de 1904 se promulgó el Reglamento del Tribunal Superior de Justicia.
El 14 de septiembre de 1914 el general Jesús Agustín Castro, nombrado gobernador y comandante militar del estado de Chiapas por don Venustiano Carranza, primer jefe del Ejército Constitucionalista, asume los tres poderes del estado; por tal motivo se disuelve el H. Congreso del Estado y el Tribunal de Justicia, este último se reinstaló en 1917. Mientras tanto, se había expedido una Ley sobre Administración Provisional de Justicia, la que comenzó a regir el 5 de febrero de 1916.
El 28 de enero de 1921, la XXVIII Legislatura del H. Congreso del Estado expidió, en su carácter de Asamblea Constituyente, la cuarta Constitución Política del Estado, que fue promulgada el primero de febrero de 1921 por el general Tiburcio Fernández Ruiz, gobernador constitucional del estado. En el Artículo 24 de esta constitución señala que el ejercicio del Poder Judicial se deposita en un Tribunal Superior de Justicia, jueces de primera instancia, jurados, jueces y alcaldes. Y, por primera vez, se divide al estado de Chiapas en 16 Distritos Judiciales: Comitán, Chilón, Chiapa, Las Casas, Cintalapa, La Libertad, Mariscal, Mezcalapa, Palenque, Pichucalco, San Andrés, Simojovel, Soconusco, Tonalá, Tuxtla y Villa Flores (a partir de 1945, Villaflores).
El Tribunal Superior de Justicia se componía de seis magistrados de número y cinco supernumerarios, que eran electos por el Congreso del Estado. Los requisitos para ser magistrados eran casi los mismos que se establecían en las constituciones anteriores, sólo se agregó que debían poseer título de abogado y tener cinco años de práctica en el ejercicio de la profesión. Tanto los magistrados como los jueces de primera instancia duraban en su cargo cuatro años. Así mismo, en el artículo 58, esta constitución señalaba que el Tribunal Superior de Justicia funcionaría en tribunal pleno o en salas, según lo determinara la Ley Orgánica del Poder Judicial y su Reglamento Interior. Correspondía al tribunal, entre otras cosas, nombrar a los jueces de primera instancia, jueces menores, asesores y visitador oficial: dirimir las competencias que se suscitaran entre los diversos tribunales inferiores del estado; examinar a los aspirantes de abogado y notario; formar su reglamento interior y de su secretaría.
El 15 de noviembre de 1921 se expide la Ley del Tribunal Superior de Justicia que comenzó a regir en el estado el primero de febrero de 1922.
El 6 de agosto de 1973, el Dr. Manuel Velasco Suárez, gobernador constitucional; promulga íntegramente la Constitución Política del Estado de Chiapas, con reformas y adiciones. El artículo 52 señala que el ejercicio del Poder Judicial se deposita en un Tribunal Superior de Justicia, jueces de primera instancia, jueces municipales y jueces rurales. También menciona que la Ley Orgánica del Poder Judicial establecería los distritos judiciales en que se dividiría al estado. El Tribunal se integra de cinco magistrados de número y tres supernumerarios electos por el Congreso del Estado a propuesta, en terna, por el gobernador del estado. Para ser magistrado se requería la ciudadanía chiapaneca, tener más de treinta años de edad, ser licenciado en derecho, no ser ministro de algún culto, ser de notoria moralidad y gozar de buena reputación, además de no haber sido condenado por delitos que ameritaran una pena corporal. Tanto los jueces como los magistrados durarían en su encargo seis años. El Tribunal Superior de Justicia funcionaría en pleno y por salas según lo contemplara la Ley Orgánica.
El 25 de agosto de 1981, el gobernador Juan Sabines Gutiérrez promulgó íntegramente la Constitución Política del Estado de Chiapas, la que empezó a regir el día primero de enero de 1982. Es la que actualmente se encuentra en vigor, con reformas y adiciones posteriores. El artículo 49 señala que el ejercicio del Poder Judicial se deposita en el Tribunal Superior de Justicia, en los juzgados de primera instancia, en los juzgados municipales y en los juzgados rurales. Menciona que será la Ley Orgánica del Poder Judicial quien establezca los distritos judiciales en que se divida al estado.
El Tribunal Superior de Justicia se compone de 7 magistrados numerarios y 5 supernumerarios. Los nombramientos de magistrados son hechos por el gobernador del estado y sometidos a la aprobación del Congreso. Los requisitos varían muy poco a los establecidos en las constituciones anteriores, con excepción a que no deben pertenecer al estado eclesiástico, ser ministro de algún culto o estar emparentados con algún magistrado. De la misma manera establece que el presidente del Tribunal informará por escrito al Congreso del Estado, cada año, sobre el estado que guarde la administración de justicia. Señala, además, que los magistrados y los jueces de primera instancia durarán en su cargo seis años, y se menciona que el Tribunal Superior de Justicia residirá en la capital del estado.
El 13 de diciembre de 1988, el Lic. José Patrocinio González Garrido, gobernador constitucional del estado, promulga la Ley Orgánica del Poder Judicial del Estado de Chiapas, aún vigente con reformas y adiciones, misma que entró en vigor el día 2 de enero de 1989. En esta ley se establece la creación de la Sala Administrativa y la descentralización del Tribunal Superior de Justicia al crearse las salas sur y norte; la primera con residencia en Pichucalco y la segunda en Tapachula, Chiapas, quedando en la capital del estado las salas civil, penal y administrativa, y se aumenta a 16 el número de magistrados.
El 20 de diciembre de 1990 se promulgan las reformas y adiciones de la Ley Orgánica del Poder Judicial del Estado, en la que figura el cambio de denominación del Tribunal Superior de Justicia por el de Supremo Tribunal de Justicia.
Han fungido como presidentes del H. Tribunal Superior de Justicia, en diferentes épocas, Emeterio Pineda, Manuel Larráinzar, José Gabriel Esquinca, Juan Clímaco Corzo, Mariano Aguilar, Daniel A. Zepeda, Antonio Vera Guillén, José Casahonda Castillo, Cuauhtémoc López Sánchez y Juan Roque Flores, entre otros.