En la cabecera municipal de Pantelhó se practican cinco credos religiosos: católico, adventista del Séptimo Día, pentecostal, presbiteriano y mormón.
La religión católica sigue siendo mayoritaria, debido a la diversidad étnica que existe en la cabecera municipal, ésta se dividió en dos grupos: la católica practicada por mestizos y la católica tradicional practicada por indígenas tsotsiles o católicos de la costumbre.
En la cabecera municipal de Pantelhó, los practicantes de la religión católica buscan con sus celebraciones conservar la música y la danza heredada de sus ancestros, quienes veneraban los elementos de la naturaleza, debido a ello realizan sus ceremonias y sus fiestas patronales de manera distinta a los católicos mestizos y se identifican también con el nombre de tradicionalistas o de la costumbre.
La religión tradicional, en esta zona es la religión católica practicada por indígenas pero con expresiones religiosas que no son exclusivamente occidentales, sino que conservan aspectos de rituales mayas, prácticas que año con año son expresadas por musiqueros y bailarines, como ellos los llaman, quienes luchan por conservar su cultura materna.
La primera corriente religiosa no católica en Pantelhó fue la doctrina adventista del Séptimo Día, que se introdujo mediante medios masivos de comunicación, en este caso, a través de un programa de radio, de una estación radiofónica de Guatemala que se sintonizaba en el municipio.
Hubo personas de la localidad que se comunicaron a la radiodifusora de Guatemala por medio de correo solicitando estudios bíblicos y así pedir apoyo para que se fundara una iglesia en el pueblo, así enviaron a Pantelhó a dos pastores para que predicaran.
Las primeras personas que escucharon estas predicaciones, principalmente del barrio de Santa Cruz se dieron a la tarea de difundir el mensaje al establecer el primer templo no católico en el pueblo.
Actualmente, existen dos templos adventistas del Séptimo Día que se encuentran ubicados en el barrio de Santa Cruz, a uno asisten tsotsiles y mestizos, en el otro participan únicamente tsotsiles.
La segunda iglesia se fundó por los años de 1988-1989: la iglesia Solo Cristo Salva, del grupo religioso pentecostal.
Ésta surgió producto de una ruptura entre líderes adventistas cuyos desacuerdos se basaron en la diferente interpretación de la Biblia y la rigidez en la práctica del culto, provocando la separación de un líder adventista y fundador del grupo pentecostal de la iglesia Solo Cristo Salva, junto con la ayuda de un familiar que vivía en la ciudad de Tuxtla Gutiérrez y practicaba esa religión.
En los primeros años, el culto se realizaba en casa del fundador y por el año de 1994 se construyó el templo en el barrio El Reparo. A esta iglesia pentecostal acuden tsotsiles y algunos mestizos.
La segunda iglesia de culto pentecostal denominada Dios Evangelio Completo se fundó cerca del año de 1995 por indígenas tseltales provenientes de la localidad El Roblar, municipio de Pantelhó. En aquel lugar ya se contaba con una iglesia pentecostal y al arribar a la cabecera municipal, las personas llevaron el culto, tiempo después sus fundadores emigraron a tierras nacionales.
En sus inicios, el número aproximado de miembros de la iglesia de Dios Evangelio Completo fue alrededor de 30 personas adultas y 20 más entre niños y jóvenes tseltales. El templo está ubicado en el barrio de Guadalupe. Su doctrina se basa en la declaración de fe, inspiración de la Biblia, creencia en el padre, hijo y el espíritu santo, creencia en la sanidad por medio de la oración y el poder del espíritu santo para lograr hablar en lenguas.
La iglesia presbiteriana Nueva Esperanza se fundó en el año de 1987, ésta fue organizada por familias tseltales provenientes de la localidad Santa Lucía, municipio de Pantelhó, que migraron a la cabecera municipal. La labor proselitista que realizó la iglesia presbiteriana, situada en el barrio de Guadalupe, logró congregar alrededor de 40 familias. La mayor parte de las personas que asisten al templo presbiteriano son tseltales y aunque en la actualidad también asisten tsotsiles, las predicaciones que se dan en cada culto son en lengua tseltal.
Por último, la iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días (mormón) se estableció en el año de 2006. Se pensaba construir esta iglesia en la comunidad El Porvenir municipio de Pantelhó, pero la gente se opuso a ello. Después de analizar el área decidieron instalarse en la cabecera municipal donde no tuvieron problemas; llegaron a predicar e hicieron labor proselitista de casa en casa. El templo de la iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días está ubicado en el centro de la cabecera municipal. La mayor parte de la gente que asiste al templo es tsotsil y los cultos se practican en esa lengua. Además, acuden al templo algunos tseltales, pocos mestizos y también personas de las localidades circunvecinas.