Los Jesuitas se dicen inspirados por el Jesús pobre y humilde que hereda San Ignacio de Loyola, y buscan ponerse junto a los crucificados de la historia.
Este grupo desde sus inicios ha estado atento a las necesidades de los más pobres, los marginados y excluidos, los primeros jesuitas que cuidan enfermos en los hospitales, en México, los grandes trabajos de Eusebio Kino, Salvatierra y tantos otros han buscado favorecer un estilo de vida digno entre los indígenas de las diferentes zonas.
En Chiapas se conocen por varias misiones emprendidas en las zonas indígenas en San Cristóbal de Las Casas con tsotsiles, principalmente, y otra en Bachajón con tseltales y ch’ol.
Promueven la Iglesia autóctona, la formación de catequistas, la organización comunitaria, la defensa de los derechos humanos, el acompañamiento a las comunidades, y la administración de los sacramentos.
El plan de acción que desarrollan los jesuitas consiste, bajo la luz de la inculturación, en el fortalecimiento de la cultura indígena, que se logra a través de dos vías principales: la conservación de sus lenguas, fiestas y costumbres tradicionales.
Su objetivo es fortalecer las comunidades de origen, tránsito y destino de trabajadores migrantes y sus familias a través de la generación de proyectos autogestivos, autosustentables y articulados en redes, e incidir política y socialmente para lograr un impacto significativo en el mejoramiento de sus condiciones de vida y en la reducción de sus niveles de vulnerabilidad.
Según los mismos Jesuitas, en 1760 eran la orden religiosa de mayor influencia en la docencia, misma que posteriormente llevó a este lugar las ideas de la Ilustración francesa y de la que surgieron los independentistas de ese país centroamericano en el siglo XIX.
Fue hasta 1670 que se creó el Colegio de Chiapas donde se impartió la cátedra de gramática y escuela de primeras letras; salvo en provincias lejanas como Costa Rica, Honduras y Nicaragua el principal impacto de los jesuitas en la Capitanía de Guatemala fue la educación, mientras que el papel de misioneros lo desempeñaron las órdenes de dominicos y mercedarios.
Actualmente, estos grupos siguen prevaleciendo en Chiapas en las zonas indígenas.
Una de las grandes misiones es la Misión jesuita de Bachajón, ya que se trata de un gran proyecto que encamina a las comunidades indígenas a tomar lo mejor que tienen de si para que trabajando juntos puedan mejorar la situación en que viven.