La Secretaría de Medio Ambiente e Historia Natural (Semahn) reconoce el arduo trabajo que se realiza en pro de la conservación y el conocimiento del pasado de Chiapas a través de los museos, los cuales son fuente inagotable de conocimiento y entendimiento tanto de la flora y la fauna de la entidad.
Hoy en día los museos se han convertido en instrumentos de enorme trascendencia social, ya que son los responsables de conservar, interpretar y difundir los bienes culturales y naturales característicos de grupos culturales, con los cuales reconstruyen su propia memoria y proyectan su desarrollo futuro, por lo que la Semahn resguarda cuatro de los más importantes museos en el estado y que están abiertos al público en la ciudad capital para su visita, con la facilidad de otorgar conocimiento a escuelas e investigadores.
El primer museo con el que cuenta la Semahn y que se encuentra enclavado en la Reserva el Zapotal, es el Museo Zoológico César Domínguez Flores, que nace en 1942 y sus primeras instalaciones estuvieron en donde ahora es la rectoría de la Unicach; en 1949 se traslada la institución al espacio que hoy se conoce como Convivencia Infantil, quedando el edificio del Museo Zoológico en lo que es ahora el Teatro de la Ciudad Emilio Rabasa; al trasladarse el zoológico 1980 a la Reserva Ecológica El Zapotal, también el museo encuentra albergue en un edificio diseñado especialmente para cobijar la colección que la componía en ese entonces.
El segundo es el Museo Botánico, fundado en 1949 por el Dr. Faustino Miranda, que se encuentra dividido en cuatro exposiciones permanentes, que son: El Árbol, Maderas Preciosas de Chiapas, Plantas Medicinales y Flores de Chiapas. Este edificio está catalogado como patrimonio cultural, pues resguarda uno de los murales del maestro Héctor Ventura, de nombre “Producción agrícola de Chiapas”.
El Museo de Paleontología es un espacio que ha llegado a consolidarse como un importante generador del conocimiento paleontológico del estado. Este espacio inaugurado el día 21 de octubre del 2002, actualmente exhibe 250 piezas fósiles de Chiapas, de las cuales un 95 por ciento son piezas originales.
Finalmente, el museo más joven se encuentra enclavado dentro de la Reserva el Zapotal, en la entrada principal del ZooMAT. El Museo Cocodrilo se inauguró el 3 de agosto del 2004, el cual es considerado único en su tipo, derivado de la museografía que maneja y que incluye además la exhibición de ejemplares vivos de las tres especies de cocodrilianos que existen en el estado. Su fachada simula las fauces abiertas de un cocodrilo de río, evocando a la cosmovisión maya en la que la entrada al inframundo era a través de las fauces de un cocodrilo.