Sergio de la Cruz Vázquez, investigador de la cultura zoque, narra que en 1693, la Iglesia Católica fue la principal causante de la muerte de más de 50 pobladores zoques, habitantes de la ciudad de Tuxtla Gutiérrez, cuyos cuerpos fueron desmembrados y exhibidos en los accesos principales de entrada y salida de la ciudad.
De la Cruz Vázquez dijo que el exterminio de más de medio centenar de habitantes zoques fue ordenado por la Iglesia Católica, que solicitó la ayuda de militares provenientes de San Cristóbal de Las Casas para que dieran una lección a los habitantes rebeldes de la ciudad de Tuxtla Gutiérrez, en ese entonces pueblo.
Cabe destacar que el motivo principal que dio origen a la orden de genocidio por parte de la Iglesia, radica en que los indígenas mataron a pedradas a Manuel Maisterra y Atocha, alcalde mayor de la Provincia de Chiapa, así como al alguacil zoque, Nicolás de Trujillo, y a Pablo Hernández, gobernador indígena, explicó el investigador.
De la Cruz Vázquez advirtió que el motivo que llevó a los indígenas zoques a matar a pedradas a las autoridades mencionadas anteriormente, fue el hartazgo por el trato que recibían del gobierno.
Esta disputa resultó en 11 indígenas arrestados y trasladados a Ciudad Real, hoy San Cristóbal de Las Casas, para luego ser ahorcados.
Finalmente, la matanza de los zoques mermó también la forma en que la etnia llevaba a cabo la celebración de sus tradiciones y costumbres, ejemplo de ello son los asentamientos subterráneos encontrados en la nueva presa Chicoasén II, donde hasta hace apenas dos años se hallaron esculturas enterradas, lo que muestra el anonimato en que los zoques continuaron con sus creencias.
