Las diferencias internas de esta organización se agudizaron en el proceso electoral pasado; por lo que se ha empezado a ventilar públicamente, la división entre los integrantes y dirigentes de la coalición de organizaciones campesinas, independientes de la Selva Lacandona, mejor conocida como Cocisel, por la disputa del triunfo de algunos candidatos a la presidencia municipal.
Una fracción, antes, durante y después de la jornada electoral, expresó su adhesión y apoyo a Gilberto Rodríguez de los Santos, candidato del PVEM: mientras que otro grupo identificado como Cocisel-1, apoyo a Jesús Oropeza Nájera que fue postulado por el Movimiento de Regeneración Nacional que fue finalmente quien se alzó con el triunfo al finalizar el recuento de boletas electorales.
Recuento de voto
Tras las advertencias del inicio de acciones de protesta para exigir el recuento de voto por voto de los sufragios emitidos en la elección de integrantes del ayuntamiento o la anulación del proceso, quienes se identifican como un grupo disidente y que apoya a Morena, se deslindan de lo que auguran podrían convertirse en actos vandálicos que pudieran generarse en cualquier momento.
Cabe recordar que esta agrupación fue creada en vísperas del proceso electoral del 2000 y sirvió como base de apoyo al exgobernador Pablo Salazar, ha sido calificada como una caja administradora de votos que se pone a disposición del mejor inversionista político o candidato que les llegue al precio, ya que desde su nacimiento ha apoyado a candidatos de diferentes partidos políticos.
