Desde 1965, la catedral de San Marcos ha tenido diversas afectaciones y modificaciones por los movimientos sísmicos, como el temblor de 1902, por las remodelaciones y demoliciones de 1913, el derribo del cuerpo arquitectónico principal por las fuerzas carrancistas en 1914, así como la reconstrucción de los muros de mampostería y los techos con bóveda catalana en 1916, mientras que las afectaciones por el sismo del 2017 se han reconstruido de manera profesional.
Este fenómeno natural causó afectaciones a la catedral de San Marcos, como fisuras, grietas, oquedades, desprendimientos de aplanados, cortantes estructurales y disgregación de materiales constructivos.
Por ello, el Instituto Nacional de Antropología e Historia, a través del Centro INAH Chiapas, inició entonces la restauración del inmueble con recurso del seguro, trabajos como liberación, consolidación, reintegración e integración.
Se atendieron las diversas afectaciones de la nave central, transepto, crucero, altar mayor, muros testero y muros laterales del altar mayor.
Los trabajos consistieron en la aplicación de pintura al interior y exterior, e impermeabilizante en la cubierta de cañón corrido de la nave y bóvedas, concluyéndose la primera etapa el 30 de junio de 2019. Trabajos que garantizaron la estabilidad del inmueble, lográndose la apertura al público.
Los trabajos de restauración y conservación de la catedral de San Marcos de Tuxtla Gutiérrez se aplicaron en la cúpula de este templo, que cuenta con restos de pintura mural de diversas épocas que fueron tapadas con capas de pintura aplicadas posteriormente a la original.
Con el sismo del 7 de septiembre de 2017, se agrietaron y desprendieron algunas secciones, por lo que se procedió a consolidar esas grietas por inyección y a resanarlas con morteros de cal y arena, y a aplicar sobre los resanes color para igualarlas al resto de las superficies pintadas, proceso conocido como reintegración de color.
También se realizaron calas estratigráficas para identificar las diversas capas de pintura con que contaba la cúpula.
Asimismo, se liberaron algunas zonas que presentaban restos de pinturas mejor conservadas, se fijaron y se reintegró color.
Los trabajos estuvieron a cargo de la empresa de restauración Cal y Canto, bajo la supervisión de las restauradoras Haydeé Orea y Nayeli Pacheco, por parte del INAH, y de la restauradora Kimberly Morales, por parte de la Secretaría de Obras Públicas de Chiapas.