El origen de la iglesia de San Francisco se remonta al siglo XVIII. El terremoto del 15 de mayo de 1714 lo destruyó, pero se tomaron medidas para reconstruirlo en ese mismo siglo, hacia 1756 en Amatenango del Valle.
El Centro INAH Chiapas revela que es imposible asegurar qué tipo de edificio existía antes de este desastre, sin embargo, es probable que la iglesia actual no se haya edificado desde sus cimientos en esa época, sino que se reparara el cuerpo o nave de la anterior.
La fachada del templo, obra popular, destaca entre las fachadas chiapanecas por su altura y esbeltez; oculta un edificio de una sola nave, con techumbre a dos aguas.
Fue concebida a manera de un enorme muro perfectamente cuadrado, cuya altura fue aumentada en virtud de dos pequeños campanarios cupulados de planta cuadrangular, con pináculos rematando sus esquinas que flanquean a una espadaña de tres claros.
El cuadrado fue simétricamente dividido en tres cuerpos de igual número de calles, por medio de aplanadas y lisas pilastras adosadas y sencillos cornisamentos.
El frontispicio, con excepción de algunas remodelaciones de este elemento, se mantiene; asimismo, el inmueble sufrió daños por el sismo del 7 de septiembre de 2017, presentó daños en la columna frontal de arco, así como fracturas en las cuatro columnas del campanario.
El campanario sur presentó pérdidas de aplanados, fracturas, el colapso del remate superior de bóveda y el colapso de una sección del muro de columna frontal, en el primer y segundo cuerpo, grietas y fisuras.
En el muro de contrafachada, al norte, se observó agrietamiento diagonal en muros laterales y en la nave, desplazamiento de tejas en cubierta, por lo que el inmueble fue intervenido en su primera etapa con recurso del seguro del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) y con recurso del Fonden.
