La presencia de iglesias cristianas evangélicas es cada vez mayor en el estado, dio a conocer la Confraternidad de Iglesias Evangélicas de Chiapas.
En Tuxtla Gutiérrez existen alrededor de 300 iglesias aglutinadas en la confraternidad, pero cada vez se añaden más.
Se estima que Chiapas es el estado en donde más ha crecido la presencia de éstos; cerca de un 50 por ciento de la población total del estado profesa una religión cristiana evangélica.
Confraternice surge inicialmente como una respuesta a las nuevas obligaciones derivadas de las reformas constitucionales de 1992 y de la promulgación de la Ley de Asociaciones Religiosas y Culto Público, sirviendo a las Iglesias Cristianas Evangélicas a través de diez comisiones nacionales entre ellas, la de Asesoría Jurídica, la Fiscal y Contable, Evangelismo Masivo, Defensa de los Derechos Humanos, preponderantemente de indígenas cristianos evangélicos, entre otras comisiones.
Sin embargo, el corazón de Confraternice está en la defensa y protección de los indígenas cristianos evangélicos, son ellos el fin último de esta organización.
Los cristianos evangélicos, con sus diferentes iglesias y escuelas como protestantes históricos, pentecostales o neopentecostales, entre otros avanzan a ritmo frenético.
Aunque llevan casi dos siglos en México, se consolidaron en los últimos 40 años como la alternativa mayoritaria al catolicismo apostólico romano, y sólo entre 2000 y 2010 se sumaron más de 3 millones de personas, superando los 8 millones de fieles; aunque ellos aseguran que son cerca de 25 millones.
El éxito de las iglesias cristianas evangélicas radica en que, aún creyendo en Cristo como los católicos, no mantienen una estructura de jerarquías y no delegan en los sacerdotes su relación espiritual.
Las iglesias evangélicas tienen presencia en todo la República, pero con una mayor penetración en los estados del sureste como Oaxaca, Chiapas, Campeche, Tabasco y Quintana Roó, y del norte Baja California, Tamaulipas y Chihuahua.