Los análisis ejecutados por laboratorios acreditados públicos y privados, arrojaron que de acuerdo con los criterios de evaluación del agua del río Usumacinta, el afluente se encuentra dentro de los parámetros de aceptable a excelente calidad, no presentando características de contaminación por descargas de origen industrial o agrícola, según la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (Profepa).
La llamada cuenca del Usumacinta tiene aproximadamente un área de 106 mil kilómetros en el estado de Tabasco y la parte noroeste del estado de Chiapas, abarcando también los departamentos de Quiché, Huehuetenango, Alta Verapaz y El Petén en el noroeste de Guatemala.
En mayo 2015 se registró la presunta contaminación al río Usumacinta por parte de una empresa guatemalteca, ubicada a 195 kilómetros aguas arriba de la localidad Sayaxché, en El Petén, Guatemala, que descargaba desechos químicos, provenientes de dos plantas extractoras de aceite de palma africana, por lo que la Profepa abrió dicha investigación.
En junio 2012, un laboratorio autorizado por el Organismo de Cuenca Sur de la Comisión Nacional del Agua (Conagua) y el Laboratorio de Química del Medio e Industrial S.A de C.V. analizaron las aguas del afluente dando como resultado negativo de contaminación. Además de que se hicieron recorridos a lo largo del cauce en el tramo que abarca parte del municipio de Benemérito de las Américas, Chiapas, hasta la confluencia con el río La Pasión.
En esta investigación se realizaron alrededor de 10 muestreos en puntos como: aguas arriba sobre el río Usumacinta a 100 metros antes de la confluencia con el río La Pasión y aguas abajo, 500 metros después de la unión de estos ríos; y en la población de Benemérito de las Américas.
Los parámetros determinados incluyeron, entre otros, oxígeno disuelto, conductividad eléctrica, coliformes fecales, demanda bioquímica de oxígeno, grasas y aceites y metales pesados.