Gran controversia causó el gol de Jonathan Rodríguez en la final, en el cual Guillermo Fernández está en fuera de juego e interviene en la jugada al ir por el balón. Al momento del servicio de Yoshimar Yotún, “Pol” se encuentra adelantado y va por la pelota, al igual que “Cabecita” Rodríguez, quien parte en buena posición y al final convierte.
El árbitro Fernando Hernández, apoyado por el VAR, donde se encuentran Eric Yahir Miranda y Marcos Quintero, lo dieron por bueno. Mas esto solo evidencia y confunde, porque en pleno torneo regular se dio una jugada similar y el gol fue anulado.
En la jornada 6, Pumas jugaba contra Toluca en el Nemesio Díez. Con el marcador empatado a cero, vino una jugada de ataque de los universitarios; por el centro, Favio Álvarez le dio un pase a Juan Pablo Vigón, quien en buena posición tomó el balón e hizo el gol, pero al final este fue anulado porque Emanuel Montejano, quien se encontraba a siete metros de la jugada, estaba adelantado y supuestamente interfirió en la llegada de un defensa. No es lo mismo pero es igual.