La historia se desarrolla alrededor del joven Paul Atreides, heredero del ducado de la Casa Atreides. Su padre, el duque Leto Atreides, recibe del emperador Padishah Shaddam IV la orden de trasladarse, con todo su ducado, a Arrakis, la única fuente en el Universo Conocido de la especia melange. Paul debe enfrentarse a la traición del emperador, temeroso de la ascendencia de la Casa Atreides en el Landsraad, y de la Casa Harkonnen, enemigos de los Atreides desde la Batalla de Corrin.
En la novela, Paul Atreides ha vivido su infancia en Caladan junto a sus preciados maestros: Duncan Idaho, Gurney Halleck, Thufir Hawat y el doctor Wellington Yueh hasta los 15 años, momento en que el emperador ordena a los Atreides el traslado a fiscalizar el comercio de la Especia en su nuevo feudo en Arrakis. Pero esta orden no es más que una trampa urdida por el barón Vladimir Harkonnen y el emperador Paddishah Shaddam IV para sacar a los Atreides del inexpugnable planeta Caladan y eliminarlos posteriormente de las casas del Landsraad.
Antes de partir, Paul recibe la visita de la Reverenda Madre Gaius Helen Mohiam, mentora de su madre Dama Jessica Atreides en la Hermandad Bene Gesserit. Jessica era miembro de la Orden Bene Gesserit, y fue designada por la misma a convertirse en concubina del duque Leto Atreides como parte del programa genético secreto de dicha orden.
Debido al amor sincero que sentía por el duque Leto, desobedeció la orden de concebir una niña para darle un heredero, y concibió a Paul: al cometer este crimen, Jessica albergaba la esperanza, quizá no muy improbable al fin y al cabo, de concebir al Kwisatz Haderach, el macho Bene Gesserit que tanto esperaba su Hermandad, aquel que podría establecer puentes entre el espacio y el tiempo.