Arqueólogas del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) encontraron materiales arqueológicos, elementos arquitectónicos, pisos, cimientos, drenajes y entierros de época virreinal y del siglo XIX en el Convento de San Agustín, que después se convirtió en la sede de la Antigua Biblioteca Nacional (República de Uruguay esquina con Isabel la Católica, colonia centro histórico de la Ciudad de México).
Las arqueólogas María de la Luz Moreno Cabrera, Sandra Muñoz Vázquez y María Abigail Becerra intervinieron en secciones de la barda atrial, la segunda capilla del templo y la fachada original de la Capilla del Tercer Orden, para determinar el nivel original de estos espacios. En su camino encontraron evidencias de las profundas modificaciones que experimentó el Templo de San Agustín en el aspecto estético y en su cimentación, con la utilización de rellenos para paliar los efectos de las constantes inundaciones.
Las arqueólogas registraron tres niveles de ocupación en San Agustín a través de 21 unidades de excavación. De la época prehispánica sólo rescataron cerámica y lítica; pero de la virreinal, aparte de materiales arqueológicos, consistentes en cerámica, lítica, metal, concha y hueso, localizaron elementos arquitectónicos, pisos, cimientos y entierros, lo mismo que para el nivel del siglo XIX, del que además ubicaron drenajes.
En el siglo XIX, explicaron las investigadoras, se abrieron cepas para las aguas pluviales, se introdujeron tubos en los muros y el atrio quedó como un jardín cerrado con columnas de cantera sobre las que reposan los bustos de importantes personajes como Manuel Eduardo Gorostiza, Francisco Javier Clavijero y Lucas Alamán. Asimismo, fue sellado el acceso poniente del ex templo.
Entre los elementos que encontraron, están el muro de mampostería de la barda perimetral del siglo XVIII, con un aplanado y cementante de cal y arena. A 2.78 metros estaba la corona de la cimentación de la barda, que consistía en dos elementos salientes adosados a la barda, dando una apariencia de escalonamiento.
Las arqueólogas de la Dirección de Salvamento Arqueológico indicaron que la cimentación original fue hecha de mampostería corrida y compactada, a base de piedra de basalto, andesita rosa, tezontle rojo y negro, unida con cal y arena, así como otros minerales pulverizados. Además, se descubrió un sistema hidráulico que data de entre los siglos XVIII y XIX, el cual se adaptó a la estructura de la barda.
En la parte noroeste del atrio se hallaron varios entierros, afectados por rellenos usados para nivelar el hundimiento del edificio, específicamente del lado de la Capilla del Tercer Orden, hacia la esquina de las calles República de Uruguay e Isabel La Católica. A 1.44 metros de profundidad, se descubrió el entierro de una mujer joven-madura del siglo XIX, que debió tener 1.62 metros de estatura; portaba un lujoso vestido a modo de mortaja, del que se recuperaron cerca de 100 botones de hueso, concha, cristal, y vidrio de exportación europea. El entierro fue profanado en algún momento, pues se le desprendió su brazo derecho.
En la colindancia con la calle República de Uruguay se registró un entierro múltiple compuesto por los restos de cinco individuos. De uno de ellos solo se encontró el brazo y la mano izquierda, mientras que sobre la caja torácica de otros tres se hallaron múltiples botones de metal, concha y hueso, los cuales son indicio —junto con la presencia de una bala de pistola del siglo XVIII—, de que pudieran corresponder a la inhumación de militares.
