El videojuego se estructura en capítulos, entre los que se resume en imágenes el contenido del siguiente. La trama se sitúa tras finalizar los eventos de Inazuma Eleven 2 y la derrota de la Academia Alius. En esta ocasión, el Instituto Raimon (donde estudian los protagonistas en las precuelas) da cabida a la selección de jugadores para participar representando a Japón en el nuevo torneo Futbol Frontier Internacional (FFI). El equipo nipón, bautizado Inazuma Japón, reúne personajes inéditos y miembros del Raimon de entregas anteriores, así como rivales de plantillas que fueron antagonistas, como la Academia Alius y la Royal Academy Redux. Al igual que en los títulos pasados, el portero Mark Evans (Mamoru End en la adaptación original) es el encargado de capitanear el equipo.
Tras afrontar los partidos contra Australia, Catar y Corea del Sur de la fase de clasificación asiática en el archipiélago, el Inazuma Japón viaja hasta la ficticia Isla Liocott, donde se celebra la fase final. Las reglas del campeonato establecen el grupo A y B, con cinco selecciones cada uno; las dos de cada grupo que consigan más puntos (tres por victoria, uno por empate) avanzan hasta la semifinal. De este modo, los protagonistas se enfrentan contra Inglaterra, Argentina, Estados Unidos e Italia.
Una vez superados los encuentros, el Inazuma Japón desvela los planes del antagonista, Zoolan Rice, antes de participar en la semifinal contra la selección brasileña. Finalmente, y tras desmantelar de forma definitiva los designios del villano, los japoneses juegan en la final con Costail un país africano ficticio, capitaneado por el portero Héctor Helio y entrenado por el abuelo de Mark, David Evans. Al vencer aparecen los créditos finales del videojuego, dando fin a la historia principal. Tras el final se desbloquean cadenas de partidos y se posibilita fichar personajes que participaron en el FFI.
Desarrollo y lanzamiento
La desarrolladora japonesa Level-5 anunció el 15 de febrero de 2010 que estaba produciendo Inazuma Eleven 3, titulado en dicho país “Challenge to the World”. Días antes del lanzamiento, la empresa organizó el 27 de junio en el Foro Internacional de Tokio un festival en agradecimiento a los seguidores de la franquicia. El director del mapeado, Hidenobu Sasaki, y el productor, Akihiro Hino, explicaron algunas novedades, como los tiros encadenados y las “supertácticas”.