En una pelea callejera con un niño desconocido, Tom llega tarde, con la ropa sucia y su tía Polly le obliga a pintar la valla al día siguiente como castigo. Tom hábilmente convence a sus amigos para que le intercambien unos pequeños tesoros por el privilegio de hacer su trabajo.
Luego negocia los pequeños tesoros por boletos de la Escuela Dominical que se reciben normalmente cuando se memorizan versículos de la Biblia. Tom intercambia los boletos por una Biblia, ante la sorpresa y el desconcierto del superintendente que pensaba que “era simplemente absurdo que este muchacho pudiera haber almacenado dos mil versículos de sabiduría bíblica en su cabeza mientras que una simple docena sin lugar a dudas forzaría en extremo sus capacidades”.
Tom se enamora de Rebeca Thatcher (Becky), una chica rubia que es nueva en la ciudad e hija del juez Thatcher, y la convence para comprometerse con él, besándolo. Pero su romance se derrumba cuando Becky se entera de que Tom se había comprometido antes con Amy Lawrence. Poco después de que Becky lo rechaza, Tom acompaña a Huckleberry Finn, el hijo del borracho del pueblo, al cementerio por la noche (una noche de viernes) en donde son testigos del asesinato del Dr. Robinson a manos de Joe, “El Indio”, donde el vagabundo Muff Potter es culpado por el asesino aprovechándose de que estaba borracho.
Tom, Huck y Joe Harper se escapan a una isla. Mientras disfrutan de su nueva libertad, jugando a ser piratas, los niños se enteran de que la comunidad estaba limpiando el fondo de los ríos para encontrar sus cuerpos. Tom se cuela en su casa una noche para observar la conmoción causada por su escapatoria. Tras un breve instante de remordimiento al ver a sus seres queridos sufrir por él, a Tom se le ocurre la genial idea de aparecer en su propio funeral.
De regreso en la escuela, Tom se gana de nuevo el favor de Becky, después de que en la escuela noblemente él acepta la culpa por la rotura de un libro del profesor Dobbins, que ella ha roto. Pronto, comienza el juicio de Muff Potter, en el que Tom testifica en contra de Joe. Potter es absuelto, pero Joe huye del juzgado a través de una ventana. Con Joe prófugo, Tom teme por su vida, ya que piensa que lo puede encontrar fácilmente.
El verano llega, y Tom y Huck van en búsqueda de un tesoro enterrado en una casa embrujada. Después de aventurarse al piso de arriba, oyen un ruido en la parte de abajo. Mirando a través de agujeros en el suelo, ambos ven a Joe disfrazado como un español sordomudo mientras discute con su compañero el plan para enterrar un tesoro robado. Desde su escondite, Tom y Huck se retuercen de placer ante la perspectiva de desenterrarlo para hacerse con el mismo. Huck comienza a seguir a Joe por las noches, en busca de una oportunidad para conseguir el oro.
Mientras tanto, Tom se va de picnic a la cueva de McDougall con Becky y sus compañeros de clase. En un exceso de confianza, Tom se desvía con Becky de los caminos marcados e irremediablemente se pierden en la cueva. Esa misma noche, Huck ve a Joe y a su socio escabulléndose con una caja. Huck los sigue y escucha sus planes para atacar a la viuda Douglas. Al correr en busca de ayuda, Huck previene el crimen y se convierte en un héroe anónimo.