Tras el lanzamiento japonés de Persona 5 en septiembre de 2016, el director del juego Katsura Hashino, quien había estado involucrado en la franquicia Megami Tensei de Atlus como el director para Shin Megami Tensei III: Nocturne (2003), Digital Devil Saga (2004), Persona 3 (2006) y Persona 4 (2008), así como el productor creativo del subestudio 2nd Creative Production Department, más tarde conocido como P-Studio, anunció su intención de dejar el equipo de desarrollo y sus funciones en la serie Persona, citando un deseo personal de explorar otros proyectos debido a lo que consideró un cambio en la dirección creativa con Persona 5.
El 19 de diciembre de 2016, la división japonesa de Atlus reveló que Hashino estaba estableciendo un nuevo estudio de desarrollo interno dentro del editor llamado Studio Zero. Su primer juego fue anunciado dos días después como Project Re: Fantasy, posteriormente rebautizado como Metaphor: ReFantazio.
Cuenta con el artista de personajes de Persona, Shigenori Soejima, y el compositor musical, Shoji Meguro. Otros miembros clave del equipo incluyen al productor Junichi Yoshizawa, al escritor Yuichiro Tanaka y a los diseñadores Azusa Kido y Kenichi Goto. Junto con la revelación del juego, la revista japonesa Weekly Famitsu publicó una entrevista exclusiva realizada entre ellos, Hashino y el director de la compañía Atlus, Naota Hiraoka.
Este último destacó la importancia de Project Re: Fantasy como una nueva IP para Atlus, afirmando que el objetivo detrás de la creación de Studio Zero era “apuntar aún más alto” con proyectos originales que pudieran mantenerse separados de las franquicias Megami Tensei o Persona, aunque la formación del equipo de desarrollo se vio previamente sofocada debido a que las personas de interés para la empresa estaban comprometidas con otros proyectos en ese momento, lo que en parte llevó a la selección de Hashino para servir como productor creativo y director de juego para el proyecto después de terminar Persona 5.
Comercialización y lanzamiento
Metaphor: ReFantazio se presentó oficialmente en junio de 2023 durante la presentación en video del Xbox Games Showcase de Microsoft, donde estaba previsto su lanzamiento para Windows y Xbox Series XS. Más tarde ese mes se realizó en Youtube una transmisión en vivo de celebración con el Persona Stalker Club, donde se confirmó por separado que el juego estaba en desarrollo para Playstation 4 y Playstation 5.