La narradora es una mujer, Ángela Carballino. Su madre es una piadosa cristiana de fe recia e inamovible. Vive en un pueblecito de la provincia de Zamora, Valverde de Lucerna, situado al borde de un bello lago, junto a un macizo de montaña.
El escenario queda sugerido por el maravilloso lago de Sanabria en San Martín de Castañeda, Sanabria, al pie de las ruinas de un convento de Bernardos, y donde vive la leyenda de una ciudad, Valverde de Lucerna, que yace en el fondo de las aguas del lago. Sin embargo, Unamuno no se atiene con servilismo literario al paisaje que le sirve de modelo, tanto en lo físico como en lo humano. No quiere significar esto que el autor no sepa explicar estéticamente los elementos del paisaje.
Ángela se ha educado en la ciudad. Pero al concluir los años del colegio, el magnetismo que irradia don Manuel (contado todo por la madre de Ángela), la atrae inexorablemente a Valverde de Lucerna. Lázaro, el hermano incrédulo, que vuelve de América, rico y con un amplio bagaje cultural laico, viene al pueblo muy decidido a trasladar a su familia a la ciudad. El señorito laico enriquecido parece despreciar todo lo que huele a religión. Pero cae inmediatamente en la cuenta de que don Manuel no es como los otros curas. Es un santo. Con él hace una excepción.
Cuando muere su madre, reconoce claramente que don Manuel es un hombre maravilloso. Finalmente termina por sucumbir en este duelo entablado entre las dos figuras próceres del pueblo, y entra de lleno en la órbita de don Manuel. Desde ese día, Lázaro no falta nunca a misa, ayuda al cura, etcétera. ¿A qué se ha convertido Lázaro? ¿Al catolicismo ortodoxo? ¿A la sugestiva y electrizante personalidad de Don Manuel?
Don Manuel ve eclipsarse paulatinamente su vida. Entretanto, Lázaro es el mejor coadjutor del párroco en la vida pastoral. El pastor de almas muere en medio de sus feligreses en la iglesia parroquial, donde se despide de todo el pueblo y pide que sea enterrado con los tres tablones de madera que él mismo corta para ayudar a un pobre niño tiempo atrás. Lázaro y su hermana recogen la herencia espiritual legada por don Manuel. Lázaro ve también resquebrajarse su salud y muere como su maestro.
Ángela Carballino, la última superviviente de la familia espiritual de don Manuel, es la que nos trasmite sus recuerdos personales y el secreto de la vida de este párroco excepcional.