Durante el corto gobierno iturbidista, antes de la coronación del emperador (en julio de 1822), el general Vicente Filisola salió de la Ciudad de Oaxaca a la cabeza de 500 soldados con rumbo a Ciudad Real. Por coincidencia, esto ocurrió el 16 de enero, el día en que Chiapas fue reconocida como una de las provincias del imperio. Desde la capital chiapaneca, la llamada División Protectora avanzó hasta llegar, en junio, a la Ciudad de Guatemala. Su objetivo era proteger a los independentistas de Chiapas y de las otras provincias guatemaltecas que deseaban anexarse al imperio.

Esa avanzada triunfal se detuvo porque, entre diciembre de 1822 y los primeros meses de 1823, el gobierno mexicano sufrió los embates de sus enemigos: diputados y militares se rebelaron contra el Imperio y proclamaron la República, consiguiendo que el emperador abdicara el 19 de marzo. Los chiapanecos evitaron esa lucha, declarándose en un primer momento partidarios de Iturbide. El proyecto imperial no pudo concretarse, pero distingue a Iturbide entre todos los gobernantes mexicanos por haber sido el único que pudo contemplar una gran patria indohispánica que se extendía desde California, Nuevo México y Tejas hasta Costa Rica.

El nuevo régimen político se propuso dar forma a un país republicano, siguiendo el modelo estadounidense; en ese proyecto el antiguo Reino de Guatemala quedó relegado, como si los rectores de la política mexicana supieran que las provincias guatemaltecas continuarían unidas a México. En lo que atañe a Chiapas, la provincia fue alcanzada por el cambio, viéndose de pronto sin una autoridad superior que la gobernara. Para subsanar esa carencia, en junio de 1823 sus dirigentes organizaron una Junta Provisional Gubernativa a la que el día 8 le confirieron el carácter de Suprema y discutieron la vigencia del pacto de unión a la nación mexicana. Nada pudo resolverse porque se registró un empate entre los 10 representantes de los partidos territoriales que estaban presentes (faltaron 2).

La Junta Suprema Provisional Gubernativa expidió, entre otros, 3 decretos esenciales en la historia chiapaneca:

1) El decreto “de bases”, que promulgó el 31 de julio de 1823, 52 días después de su instalación. En ese documento se comprometió a verificar con detenido examen el pronunciamiento de los pueblos respecto del país al que quisieran agregarse, que eran las repúblicas federales de México y de las Provincias Unidas del Centro de América (no Guatemala, como se acostumbra decir erróneamente). No especificó el mecanismo que utilizaría para darle cumplimiento.

2) Durante todo agosto nada sucedió, menos aún en septiembre, pues, estando de paso el general Filisola, que iba de Guatemala a México, el día 4 desbarató a la Junta suprema por órdenes de su gobierno. Fue hasta 42 días después de la salida de Ciudad Real (el 4 de noviembre) del coronel Felipe Codallos y el centenar de soldados que habían quedado a su mando, que la Junta suprema reinstalada expidió, el 16 de diciembre, la circular o manifiesto en el que pidió a todos los pueblos y partidos, ayuntamientos y personas ilustradas que le dirigieran sus informes o memorias y le patentizaran si les convenía ser de México o de Guatemala (lo correcto hubiera sido referirse a las Provincias Unidas del Centro de América). De nuevo, no mencionó el mecanismo que usaría para finiquitar la consulta.

3) Debido a que no todos los pueblos habían mandado sus actas, el 24 de marzo de 1824 la Junta expidió una nueva circular en la que les pidió que lo hicieran cuanto antes y les advirtió que no haría más que declarar solemnemente el pronunciamiento conforme a la base de la población. Esto significaba que no habría debates ni confrontaciones entre los representantes y que la cantidad de habitantes sería fundamental, es decir, todos serían contados, hasta los niños recién nacidos. A pesar de su importancia, no dispuso formar un padrón de población que indicara la cantidad de habitantes de cada pueblo.