El 26 de mayo, dos meses después de esta última circular, el Congreso mexicano publicó un decreto en el que señaló al gobierno de Chiapas que tenía un plazo de 3 meses para que mostrara su voluntad de agregarse a México. Este decreto funcionó como un ultimátum que obligó a la Junta suprema a apresurar el desarrollo de los trabajos que había emprendido; de modo que el 28 de agosto formó una comisión para que organizara un padrón de población y otra para que examinara las actas y contestaciones de los pueblos. Nadie sospechó —era imposible— que en 15 días los representantes conductores de la Junta iban a dar por concluido el proceso (12 de septiembre). Las comisiones cumplieron la tarea que les fueron encomendadas y entregaron su dictamen: el 9 de septiembre la que revisó las actas de los pueblos y, el 11, la que preparó el padrón de población. Es evidente que los representantes de los pueblos no pudieron saber cuántos habitantes tenían, pues la Junta, con el padrón en sus manos, dejó pasar tan solo 24 horas para anunciar que todo había terminado. Esto ocurrió el domingo 12 de septiembre de 1824.
Firmaron el acta de ese día solo 9 de los 12 representantes de los partidos territoriales; no se presentaron los de Tonalá, Llanos (Comitán) y Ocosingo por diversos motivos que justificaron. La reunión se desarrolló en presencia del señor Agente del Supremo Gobierno de la República Mexicana, Don José Javier de Bustamante… El gobierno de las Provincias Unidas del Centro de América no envió ningún comisionado.
Los representantes, haciendo labor de escrutadores, determinaron que quisieron unirse a la federación mexicana: Ciudad Real, Chamula y Zinacantán, en total, 3 pueblos; el partido de Llanos (Comitán) sin los pueblos que se mencionan en el párrafo siguiente, en total, 12 pueblos; los partidos de San Andrés (8 pueblos), Huixtán (6 pueblos) y Simojovel (6 pueblos); y los pueblos de Yajalón y Petalcingo (2 pueblos del partido de Tila). Los totales fueron: 37 pueblos y 96,829 personas.
Resultaron por la agregación a la federación de las Provincias Unidas del Centro de América: el pueblo de San Felipe (1 pueblo del partido de Ciudad Real); los pueblos de Zapaluta y Chicomuselo (2 pueblos del partido de Llanos o Comitán); los partidos de Tuxtla (16 pueblos), Tonalá (3 pueblos), Ixtacomitán (17 pueblos), Palenque (3 pueblos); el pueblo de Tila (1 pueblo del partido del mismo nombre), y el partido de Soconusco (14 pueblos). Los totales fueron: 57 pueblos y 60 400 personas.
El partido de Ocosingo (7 pueblos) y los pueblos de Sabanilla, Tumbalá y Moyos (3 pueblos del partido de Tila), por no dar opinión a una ni a otra parte fueron considerados como indiferentes. Aquí los totales son: 10 pueblos y 15 724 personas (datos numéricos que no están consignados en el acta). En realidad, son indiferentes los 7 pueblos del partido de Ocosingo (10,836 personas), pero no Sabanilla, Tumbalá y Moyos, del partido de Tila, que expresaron su deseo de ser independientes. Los totales de estos últimos fueron: 3 pueblos y 4,888 personas.
La Junta suprema afirmó: “La Provincia de Chiapa, compuesta de doce Partidos […] y en ellos de ciento cuatro pueblos, presenta por base de su población ciento setenta y dos mil novecientas cincuenta y tres mil almas”, y concluyó que la mayoría de la población se pronunció a favor de la República Mexicana.
Dos días después, el martes 14 de septiembre de 1824, en el salón de juntas de Ciudad Real, se reunieron los representantes de los partidos territoriales, el comisionado mexicano Bustamante, el venerable Cabildo sede vacante en unión del gobernador del Obispado, el jefe político, el Ayuntamiento, el intendente con los empleados de hacienda, los prelados de las comunidades religiosas y el vecindario de distinción. Hicieron uso de la palabra el presidente de la Junta, Manuel de Jesús Robles, representante del partido de San Andrés, y el secretario Martín de Esponda, de Ixtacomitán. Bustamante, el comisionado mexicano, ofreció al estado libre de Chiapa la protección del gobierno de México para encaminarlo a su mayor rango y felicidad. También participaron el jefe político Luis Antonio García y otros funcionarios civiles y eclesiásticos.
Firmaron el acta solo 8 representantes, debido a que el capitán Joaquín Miguel Gutiérrez, representante del partido de Tuxtla, se retiró de Ciudad Real y volvió a la villa de Tuxtla argumentando que no estaba de acuerdo con la forma en que procedió la Junta. De manera que solo dos poblaciones, ambas del partido de Tuxtla, protestaron por el hecho consumado: la villa de Tuxtla, el 16 de septiembre, y el pueblo de Chiapa, el 19.
Así se consumó, el 14 de septiembre de 1824, la unión de Chiapas a la federación mexicana, hecho histórico que en este 2020 está cumpliendo 196 años.