Con absoluto respeto a la soberanía de los estados en materia electoral, el Instituto Nacional Electoral puede intervenir en comicios locales cuando se demuestre injerencia de autoridades o si los organismos públicos electorales locales desempeñaron una actuación en favor de algún instituto o candidato. Las causales han quedado estipuladas en las leyes secundarias, sobre la remoción de consejeros electorales en caso de incurrir en actuaciones a favor de un partido o aspirante postulado, lo cual está bajo la responsabilidad del Consejo General del organismo.
Como es del conocimiento, el Consejo General del Instituto Nacional Electoral se conforma por un consejero presidente y 10 consejeros electorales, electos por mayoría calificada, es decir, dos terceras partes de los miembros de la Cámara de Diputados.
El Instituto no organiza todas las elecciones. Se encarga principalmente de comicios federales y se coordina con los órganos estatales para las elecciones locales. Puede tomar bajo su conducción las contiendas en los estados a petición o atraerlas cuando hubiera inequidad. Lo anterior forma parte de la transición del Instituto Federal Electoral al organismo que le sustituyó con una serie de nuevas atribuciones, todas aprobadas por el Congreso de la Unión en el marco del Pacto por México, contenidas dentro del Compromiso número 90.
El nuevo responsable de la organización de los comicios federales, adicionalmente trabaja de forma conjunta con los institutos locales, a cuyos siete consejeros nombra. Éstos están a cargo de la preparación de la jornada electoral, imprimir documentos y materiales electorales. Realizar los escrutinios y cómputos de la elección, emitir la declaratoria de validez y otorgar las constancias en los procesos locales. También deben dar los resultados preliminares de la elección; y hacer el cómputo de la elección de gobernador.
El Instituto tiene la obligación de impartir capacitación electoral; determinar distritos y secciones electorales; trabajar en el padrón y la lista de electores; determinar la ubicación de las casillas y la designación de los funcionarios de sus mesas directivas; dar los lineamientos para los resultados preliminares; así como fiscalizar los ingresos y egresos de partidos políticos y candidatos locales.
El Instituto Nacional Electoral puede atraer asuntos de la competencia de los órganos electorales locales cuando sea necesario o para sentar un criterio de interpretación, lo cual no era facultad del organismo federal. El Consejo General hoy tiene facultad de designar y remover a los consejeros electorales de las entidades. En cada uno de los estados, estos órganos locales están conformados por un consejero presidente y seis consejeros electorales, por un período de siete años en el cargo.
Otra de sus funciones es organizar elecciones de los dirigentes partidistas, si así lo solicitan. También, el Instituto Nacional se encarga de realizar pagos a proveedores y prestadores de servicios de los partidos a petición de éstos, facultad que era de los institutos políticos.
El trabajo de educación cívica está bajo responsabilidad exclusiva a los institutos locales, es decir, aquellas actividades como la invitación a la participación política o a emitir el voto. Por su parte, el trabajo de capacitación electoral es función del Instituto Nacional que se encarga de instruir a funcionarios electorales para procesos federales y locales.
