Yunjae tiene dieciséis años, está en la edad de las emociones desbordadas, el amor y la rabia. Pero las amígdalas de su cerebro son pequeñas, más pequeñas que una almendra y, como consecuencia, Yunjae es incapaz de sentir nada.
Educado por su madre y su abuela, aprende a identificar las emociones de los demás y a fingir estados de ánimo para no destacar en un mundo que pronto lo tachará de extraño.
“Si tu interlocutor llora, tú entrecierra los ojos, baja la cabeza y dale una suave palmada en la espalda”, le dice su madre. Así construye una aparente normalidad que se hace trizas el día en que un psicópata ataca a ambas mujeres en la calle. Desde entonces, Yunjae debe aprender a vivir solo, sin deseo de derramar una lágrima, sin tristeza ni miedo ni felicidad.
A Yunjae le tienden la mano personas improbables: un antiguo amigo de su madre, una chica capaz de romper certezas e incluso un abusón con más afinidad de la esperada. Los tres quebrarán la soledad del protagonista de Almendra.
Yunjae nació con alexitimia, una enfermedad que le impide reconocer y expresar emociones, y que está asociada a un crecimiento inferior de la amígdala cerebral, generalmente del tamaño de una almendra. Su madre soltera y su abuela hacen todo lo posible por ayudarlo a relacionarse con los demás, si bien en la escuela se enfrenta a la intimidación y al rechazo de sus compañeros por su comportamiento indolente. Pero un día ocurre la tragedia: en la tarde de su decimosexto cumpleaños, la madre y la abuela de Yunjae son víctimas de un violento ataque callejero que termina con su abuela muerta y su madre postrada en cama en estado vegetativo. Yunjae tendrá entonces que vivir solo y encargarse de la librería de libros usados de su familia.
Es entonces cuando sucede el inesperado encuentro con Gon, un chico volátil, propenso al mal humor y a las peleas, que ha sufrido una infancia traumática. Ambos son polos opuestos, pero el rechazo que sufren cada uno por diferentes razones por una sociedad que no los entiende, hace que pasen de ser enemigos, a cultivar una peculiar amistad.